Es arqueólogo, con maestría en Arquitectura y doctorado en Historia.
Ha realizado proyectos de investigación, conservación, protección y difusión para el Instituto Nacional de Antropología e Historia en sitios arqueológicos e históricos como Yohualichan y el Ex convento de Huejotzingo, en Puebla.
Se ha interesado por el análisis de las tradiciones totonacas en torno a la presencia cíclica de inundaciones en esa área y su impacto en ciudades prehispánicas.
Es miembro de la Red Temática CONACYT/UNAM sobre Centros Históricos, y catedrático en la Universidad Veracruzana, campus Xalapa. Ha sido becario del Consejo Veracruzano de Investigación Científica y Desarrollo Tecnológico, y del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
Ha escrito diecisiete libros sobre arqueología, historia, cuento, poesía y novela, es coautor de capítulos de libros, y ha publicado más de cincuenta artículos en México y en el extranjero.
Su libro La Antigua Veracruz. Historia de la primera ciudad portuaria de la Nueva España en el siglo XVI fue seleccionado para su publicación por el Instituto Veracruzano de Cultura; en 2013 recibió el Premio Baluarte en Veracruz y fue nombrado Caballero Águila en 2014 por su obra literaria, por la Sociedad Civil de San Cristóbal de las Casas, Chiapas.
En el Museo Amparo, Javier Omar Ruiz impartió una conferencia.
