Las calaveras comenzaron a utilizarse en los tzompantlis, altares utilizados por las culturas mesoamericanas. Para los mesoamericanos, la muerte se consideraba como la conclusión de una etapa de la vida que se extendía a otro nivel, por lo que era común conservar cráneos como trofeos y mostrarlos durante los rituales que simbolizaban el término de ese ciclo.
Con la llegada de los españolesestos altares fueron sustituidos por las calaveritas de azúcar. Éstas eran elaboradas con una receta traída por los españoles llamada alfeñique, la cual es una especie de caramelo formado de azúcar puro de caña, con la que se realiza una pasta moldeable obteniendo una variedad de figuras.